Eine chirurgische Therapie ist nur im Falle von Komplikationen wie Stenosen, Fisteln und Abszessen oder infolge eines Versagens der medikamentösen Therapie indiziert. Ausnahme hiervon ist ein isolierter Befall des Überganges von den Dünn- in den Dickdarm, der sog. Ileocoekalbereich. Hier sollte gemäß der aktuellen Leitlinie der Europäischen Crohn/Colitis Vereinigung die Operation die bevorzugte Therapie sein. Grund hierfür ist, dass die Hälfte der Patienten nach der Operation langfristig keine oder nur geringe Beschwerden haben, zum Teil also quasi als geheilt angesehen werden können. Eine besondere Situation liegt bei einem Befall des Afters vor. Hier kann es durch rezidivierende Fisteln mit  Abszessen zu einer Schädigung des Schließmuskels mit entsprechenden Einschränkungen der Kontinenzleistung und Lebensqualität kommen. Oberstes Therapieziel ist hier der Schließmuskelerhalt mit voller Stuhlkontinenz. Eine individuell maßgeschneiderte Therapie ist in Anbetracht des komplexen Krankheitsbildes für den Therapieerfolg entscheidend. Während bei einem Befall des Darms überwiegend die entzündeten Darmabschnitte entfernt werden müssen, ist die Therapie von Fisteln am After weitaus komplexer und reicht bis hin zu plastischen Operationen für den Fistelverschluss. Am Campus Benjamin Franklin der Charité - Universitätsmedizin Berlin beherrschen wir als ein Zentrum für chronisch-entzündliche Darmerkrankungen das gesamte operative Spektrum. Auch kommen am Campus Benjamin Franklin die neuesten Therapien wie z.B. die Stammzelltherapie bei Analfisteln zur Anwendung.